学校把握科研体制机制改革试点机遇，积极探索科研管理创新，制定出台《东莞理工学院关于深化科研体制机制改革的实施办法》等系列科研体制机制改革措施，加快创新服务体系建设;2015年学校科研总经费首次突破亿元，较2014年增长36.2%。
目前，学校成立具有独立法人的事业单位性质的科研实体——科技创新研究院，组建管理服务团队，进驻松山湖大学创新城，首批建设东莞理工学院—西门子智能制造创新中心、3D打印与智能制造研究院、中子散射技术工程研究中心、环境生态工程技术研发中心、先进飞行器制造技术研究所等11个项目平台;强化与西门子、华为、深圳智汇谷集团、广东长盈精密技术有限公司、大连机床集团、北航东莞研究院、横沥镇等对接合作，切实加强科技研发服务平台建设。
2015年9月以来，学校新增省工程技术研究中心4个、省新型研发机构1个、广东高校国际暨港澳台合作创新平台1个。目前学校已累计建设各类省级重点科研平台15个，市级平台21个，位居省内同层同类院校前列;与东莞市政府、中科院物理研究所共建中国科学院工程热物理研究所东莞分所。